Перед началом процесса инвентаризации вам необходимо создать Документ инвентаризации и очередь.
Создание документа
Переходим в Документы -> inventory documents и нажимаем на кнопку "+"
В открывшемся окне выбираем склад (обязательно выбираем склад клиента) и нажимаем сохранить.
Создание очереди
Переходим в Склад -> Задачи -> Queues и нажимаем на кнопку "Добавить очередь"
В открывшемся окне выбираем Способ сборки - Inventory adapter, указываем ваш ФФ склад и вводим название очереди.
Процесс инвентаризации
В личном кабинете переходим в терминал -> Складские операции -> Инвентаризация
Вводим шк корзины
Выбираем созданную очередь
Выбираем созданный документ
Сканируем статическую полку, затем сканируем необходимый товар.
Сканируем или указываем его реальное количество, нажимаем добавить и сканируем следующий товар или полку
Должно вылезти такое окно: 
Теперь, переходим в документ, который создали ранее и видим сколько товара было на полках до инвентаризации и после
Чтобы остатки поменяли количество согласно итогам инвентаризации необходимо подтвердить документ:
